La Agencia ha diseñado una estructura básica, al servicio de los objetivos y funciones que tiene encomendados, compuesta por un equipo multidisciplinar entre los que se encuentran farmacéuticos, veterinarios, médicos, biólogos, ingenieros agrónomos, abogados, etc. Un equipo de profesionales cualificados al servicio de la Seguridad Alimentaria y la Nutrición con una máxima capacidad para la coordinación con todos los implicados y que trabaja bajo la dirección del Equipo Directivo.

Además, para garantizar la correcta consecución de sus objetivos específicos, la Agencia cuenta con tres órganos de dirección, el Presidente, el Consejo de Dirección y el Director Ejecutivo, así como una serie de órganos de coordinación y asesoramiento mediante los que por un lado se coordina con los Distintos Departamentos ministeriales en el ámbito de sus respectivas competencias, así como con el resto de Administraciones Públicas y los sectores interesados, incluidas las asociaciones de consumidores y usuarios y además recibe asesoramiento científico. Estos órganos de coordinación y asesoramiento son la Comisión Institucional, el Consejo Consultivo y el Comité Científico.