Todas las actividades de la EFSA se guían por un conjunto de valores esenciales para los principios de funcionamiento de la Autoridad. Uno de ellos es la cooperación con los Estados miembros.

El Comité Consultivo de la EFSA está en el centro de su estrategia de colaboración con los Estados Miembros. A través del Foro, la EFSA y los Estados miembros unen sus fuerzas para hacer frente a la evaluación y  la comunicación de riesgos.

Los miembros del Comité Consultivo se apoyan en los Puntos Focales que actúan como intermediarios entre la EFSA y las autoridades nacionales de seguridad alimentaria y facilitan el contacto con los Estados miembros.

Mientras el Comité Consultivo de la EFSA se concentra en las cuestiones estratégicas relacionadas con la cooperación y la creación de redes, los Puntos Focales Nacionales lo hacen en establecer una red operativa entre los Estados miembros, por ejemplo, para el intercambio de información científica y para proporcionar asesoramiento y apoyo a la EFSA sobre diversas actividades científicas.

El Comité cuenta con un grupo de comunicación que trabaja con los departamentos de comunicación de las agencias nacionales de seguridad alimentaria.