En primer lugar merece la pena separar el ámbito de aplicación de las dos principales normas en juego que, aunque están muy relacionadas entre sí, son independientes:

• La Directiva 91/414/CE regula la comercialización y uso de los productos fitosanitarios. Una sustancia activa se puede usar en la UE para fabricar un producto fitosanitario si está incluida en el anexo I de dicha Directiva (que será sustituida el año que viene por el Reglamento (UE) Nº 1107/2009). La autorización para la comercialización y uso de los productos fitosanitarios en España es concedida por la Dirección General de Recursos Agrícolas y Ganaderos del Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino
• El Reglamento (UE) Nº 396/2005 es una norma de Salud Pública que recoge los LMRs de sustancias activas en los alimentos como consecuencia del uso de productos fitosanitarios.

La Directiva 91/414/CEE establece varias condiciones que deben cumplirse para autorizar el uso de productos fitosanitarios en la UE (valoración de efectos medioambientales, ecotoxicológicos, seguridad del operador, seguridad alimentaria y eficacia).

Pues bien, si una sustancia no se autoriza en la UE  por cualquiera de las razones distintas a los residuos, véase medioambientales o ecotoxicológicas (contaminación aguas subterráneas, efectos en flora y fauna, invertebrados...etc), de eficacia o de seguridad al operador…sus residuos (los LMRs) deben ser igualmente evaluados, fijándose en unos valores totalmente seguros para el consumidor (Artículo 12.1 del Reglamento 396/2005). La evaluación de esta misma sustancia activa en otra región del planeta con sus particulares características climáticas, sistemas de aplicación o práctica agrícola puede resultar, sin embargo, en la autorización de su uso en esos países terceros.

Los alimentos que cumplen dichos LMRs y que no presentan ningún riesgo para los consumidores, pueden ser legalmente comercializados (también importados) sin que exista un motivo sanitario para prohibir su puesta en el mercado. El razonamiento esgrimido es coherente con el contexto internacional en el que se integra la UE: miembro de la Organización Mundial del Comercio (OMC), Codex Alimentarius, Organización para la Cooperación Económica y el Desarrollo (OCDE) entre otras… Este procedimiento es conocido como “tolerancia a la importación”, y se define en el art. 3 g) del Reglamento de LMRs.

Como contrapartida a las obligaciones de la UE en organismos internacionales es interesante también mencionar que esta fuente sirve también para la incorporación inmediata de LMR fijados por la Comisión del Codex Alimentarius, una organización conjunta FAO/OMS. Estos límites son incluidos en el Reglamento 396/2005 con la excepción de los considerados no seguros para algún segmento de la población en la UE, tras una evaluación de riesgo realizada siguiendo estándares europeos, y para los que la Unión ha expresado su reserva a dicha organización.